종부세 합산배제·과세특례 9월 30일까지…일시적 2주택 3년과 12억 공제

국세청은 2026년 9월 10일 합산배제·과세특례 적용이 예상되는 4만 8천 명에게 안내문을 발송한다고 발표했다. 모바일 안내문은 9월 9일, 우편 안내문은 9월 14일 발송 일정이며, 신고·신청 기간은 9월 16일부터 9월 30일까지다.

합산배제 대상 부동산은 신고가 인정되면 11월 종합부동산세 정기고지의 과세대상에서 제외된다. 일시적 2주택·상속주택 등 과세특례는 해당 주택을 무조건 비과세하는 것이 아니라 납세자를 1세대 1주택자 방식으로 계산해 주는 제도다. 안내문을 받지 않았어도 요건을 충족한다면 직접 검토할 수 있고, 안내문 자체가 최종 승인서는 아니다.

합산배제는 법정 요건을 갖춘 임대주택, 사원용주택 등과 주택신축용 토지를 종부세 과세대상에서 빼는 제도다. 반면 1세대 1주택 특례는 일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택 등을 보유해도 신청에 따라 1세대 1주택자 계산방식을 적용하는 제도다.

특례주택은 과세표준에 합산되므로 “두 번째 집은 세금이 전혀 없다”는 뜻이 아니다. 기본공제와 연령·보유기간 세액공제를 적용할 수 있지만, 특례주택에 해당하는 과세표준 부분에는 세액공제가 적용되지 않는 등 계산 단계가 다르다. 먼저 본인이 ‘제외’ 대상인지 ‘계산방식 특례’ 대상인지 구분해야 한다.

임대주택 합산배제는 지자체와 세무서 등록, 주택 유형별 의무임대기간 6년 또는 10년 등, 임대료 증액 상한 5% 같은 요건을 함께 본다. 2026년부터 세무서 사업자등록의 업종 요건은 완화됐지만, 사업자등록 자체와 다른 법정 요건까지 사라진 것은 아니다.

사원용주택 등은 공시가격 6억 원 이하 또는 전용면적 85㎡ 이하, 임대보증금이 공시가격의 10% 이하 등의 세부 요건을 확인해야 한다. 멸실예정주택은 취득일부터 3년 안에 멸실해야 하고, 주택신축용 토지는 취득일부터 5년 안에 사업계획승인을 받아야 한다. 한 조건만 맞는다고 합산배제가 확정되지 않는다.

과세기준일인 2026년 6월 1일 현재 1주택자가 기존 주택을 팔기 전에 새 주택을 취득해 일시적으로 2주택이 된 경우, 신규주택 취득일부터 3년 안에 종전 주택을 양도하는 조건으로 1세대 1주택 특례를 신청할 수 있다. 3년을 넘기면 경감받은 세액과 이자상당가산액이 부과될 수 있다.

상속주택은 상속개시일부터 5년이 지나지 않았거나, 상속지분이 전체 주택 지분의 40% 이하이거나, 상속지분 상당 공시가격이 수도권 6억 원·수도권 밖 3억 원 이하인 경우 중 하나를 확인한다. 지방 저가주택은 공시가격 4억 원 이하 주택 1채로, 가평·연천·강화·옹진과 수도권 밖의 법정 지역 범위를 함께 확인해야 한다.

일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택 특례가 적용되면 기본공제는 12억 원, 연령·보유기간 세액공제는 합계 최대 80%까지 적용할 수 있다. 특례를 적용하지 않는 일반적인 개인별 기본공제 9억 원과 계산 구조가 달라질 수 있다는 뜻이다.

연령 공제는 60세 이상부터 구간별 20%·30%·40%, 보유기간 공제는 5년 이상부터 20%·40%·50%이며 합계 한도는 80%다. 그러나 개인의 공시가격, 지분, 다른 주택, 연령과 보유기간에 따라 결과가 달라진다. ‘12억 공제’만 보고 무조건 유리하다고 결론 내리지 말고 홈택스 모의세액계산으로 비교한다.

2026년 6월 1일 현재 거주자인 부부가 공동으로 1주택만 소유하고 다른 세대원은 주택을 소유하지 않는다면 공동명의 1주택자 특례를 신청할 수 있다. 특례를 적용하면 부부 합의로 정한 한 사람이 납세의무자가 되고 12억 원 공제와 그 사람의 연령·보유기간에 따른 세액공제를 적용한다.

특례를 적용하지 않으면 부부가 각각 납세의무자가 되고 각각 9억 원씩 공제하지만 연령·보유기간 세액공제는 없다. 2026년부터는 지분율과 관계없이 부부가 합의한 사람을 납세의무자로 선택할 수 있다. 어느 방식이 유리한지는 가격·지분·연령·보유기간에 따라 달라지므로 반드시 두 결과를 비교한다.

과거에 합산배제 신고서나 과세특례 신청서를 제출했고 소유권·면적 등 신고 내용에 변동이 없다면 원칙적으로 다시 제출하지 않아도 계속 적용된다. 매년 무조건 새 신청서를 내는 제도는 아니다.

반대로 임대사업자 등록이 말소됐거나 의무임대기간 전에 양도했거나 임대료를 5% 초과 인상하는 등 요건을 잃었다면 제외 신고로 과세대상에 다시 포함해야 한다. 일시적 2주택의 3년 처분기한, 멸실예정주택의 3년 멸실기한, 신축용 토지의 5년 승인기한도 다시 점검한다. 변동을 숨기면 추후 경감세액과 이자상당가산액을 낼 수 있다.

홈택스 하단 ‘세무 업무 가이드맵’에서 종합부동산세의 각 신고·신청 메뉴를 선택할 수 있다. 과세물건 자동입력과 미리채움, 임대주택 합산배제 자가진단, 종합부동산세 모의세액계산을 이용하고 제출 전 소유권·지분·취득일·등록일·임대료 변동을 원자료와 대조한다.

전자신고가 어렵다면 홈택스에서 해당 서식을 내려받아 관할 세무서에 서면 제출할 수 있다. 전자신고·신청 상담은 국번 없이 126에서 1번 뒤 3번, 종합부동산세 상담은 2번 뒤 1번이다. 마지막 날 접속 지연이나 증빙 누락을 피하려면 모의계산과 서류 준비를 먼저 끝내는 편이 안전하다.

9월 30일 전에 먼저 합산배제인지 과세특례인지 구분하고, 2026년 6월 1일 보유 상태와 등록·취득·상속·임대료 변동을 확인한다. 그다음 홈택스 미리채움과 모의계산을 원자료와 대조해 제출한다.

핵심은 ‘안내문을 받았으니 자동 적용’도, ‘작년에 냈으니 올해는 무조건 끝’도 아니라는 점이다. 변동이 없으면 재신청이 필요 없지만 요건을 잃었다면 제외 신고가 필요하며, 잘못 적용된 혜택은 세액과 이자상당가산액으로 돌아올 수 있다.